1865年5月5日（慶応元年4月11日） 日向国児湯郡上江村馬場原（現在の宮崎県児湯郡高鍋町馬場原）で、高鍋藩の下級武士、石井万吉・乃婦子夫妻の長男として生まれる[4]。城竹窓のもと漢学を学ぶ。城は石井のことを「善悪ともに極端に走る直情径行の典型」と評した。