山形県東田川郡黄金村大字高坂字楯ノ下（現在の鶴岡市高坂）に生まれる。父小菅繁蔵と母たきゑの第四子（兄弟は順に繁美、このゑ、久治、留治、てつ子、繁治）。実家は農家で、藤沢自身も幼少期から家の手伝いを通して農作業に関わり、この経験から後年農村を舞台にした小説や農業をめぐる随筆を多く発表することになる。郷里庄内と並んで農は、作家藤沢周平を考えるうえで欠くことのできない要素である。

1934年（昭和9年）、青龍寺尋常高等小学校入学（在学中に黄金村国民学校に改称。現在の鶴岡市立黄金小学校）。小学校時代からあらゆる小説、雑誌の類を濫読し、登下校の最中にも書物を手放さなかった。また、6年生の頃には時代物の小説を書いた[3]。1938年(昭和13年)、11歳の時ひどい吃音に悩まされる[4]。1942年(昭和17年)、15歳の時、黄金村国民学校高等科を卒業し、山形県立鶴岡中学校（現在の鶴岡南高校）夜間部入学。昼間は印刷会社や村役場書記補として働いた。

1946年（昭和21年）に中学校を卒業後、山形師範学校[6]（現在の山形大学）に進む[7]。一級上に無着成恭[8]がいた。入学後はもっぱら文芸に親しみ、校内の同人雑誌『砕氷船』に参加した（このときの同人は蒲生芳郎、小松康裕、土田茂範、那須五郎、丹波秀和、松阪俊雄、小菅留治の7人、最初は自筆原稿の回覧、ポーの評伝を発表）。この時期の思いでは自伝『半生の記』に詳しく記されており、また小説作品にしばしば登場する剣術道場同門の友情などにも形を変えて描かれている。